在地壳中，氟含量为544ppm，是丰度第13位的元素。氟主要是以萤虫（CaF2）、氟磷酸钙（Ca10F2(PO4)6）、冰晶石（Na3AlF6）等化合物的形式存在于自然界中。岩石、矿物及土壤中的氟是地表水和地下水中氟的主要来源。中国高氟水的分布如图1所示。工业生产过程中，也会排放大量的含氟废气、废液和废渣。造成工业氟污染的氟化物主要来源于冶金工业的炼铝、炼钢，化学工业的磷肥和氟塑料生产，硅酸盐工业的砖瓦、陶瓷、玻璃、耐火材料的生产，电力工业的燃煤发电。
废气和废液会直接污染环境，而含氟废渣也会成为间接的氟污染源。这些含氟废气、废液和废渣的特点是排放集中，引起周边人、畜中毒，引发地方性氟病。
科学研究发现，氟对人体中的钙、磷具有极强的亲和力，它能破坏机体钙、磷的正常代谢，并能抑制某些酶的活性，由此会引发一系列包括：氟斑牙、氟骨症、肾脏、肝脏、大脑损害、免疫功能异常、肺水肿、肺出血、儿童智力下降等疾病。
氟在自然环境中的形态也是多种多样的，在空气中氟主要以氟化氢（HF）、四氟化硅（SiF4）的形式逸散在空气中，在土水系统中的氟的形态一般可分为：水溶态、可交换态、吸附态等。水溶态氟主要指以离子或络合物存在于土壤和水体溶液中的氟，包括F-、HF2-、H2F3-、H3F4-、AlF63-等。在水中存在着由腐植质等形成的一些有机配体，也可和氟与金属离子（Pb2+、 Hg2+、 Co2+、Zn2+等）形成复杂的络合物和螯合物。